为深入贯彻落实习近平生态文明思想，根据《中央生态环境保护督察工作规定》，中央第八生态环境保护督察组（以下简称督察组）对云南省开展了第二轮生态环境保护督察。2021年5月28日，中央生态环境保护督察工作领导小组第三次会议审议通过督察报告。经党中央、国务院批准，督察组于2021年7月14日向云南省委、省政府进行反馈。反馈会由云南省省长王予波主持，督察组组长焦焕成通报督察报告，云南省委书记阮成发作表态发言。翟青副组长，督察组有关人员，云南省委、省政府有关领导、有关部门和各州市党政主要负责同志等参加会议。督察认为，云南省认真学习贯彻习近平生态文明思想，坚决扛起生态文明建设排头兵政治责任，生态文明建设和生态环境保护取得积极进展和成效。云南省认真学习贯彻习近平总书记考察云南时重要讲话和批示精神，实施《云南省创建生态文明建设排头兵促进条例》；创新推进洱海保护治理与生态修复“八大工程”“洱海经验”及保护治理成效得到多方肯定。拆除赤水河流域云南省境内所有小水电。累计建成10个国家生态文明建设示范市县、5个“绿水青山就是金山银山”实践创新基地。推进优化产业结构、能源结构、运输结构调整，单位GDP二氧化碳排放较2015年下降30%以上，提前4年实现全面供应国Ⅵ（B）标准车用汽油，2020年16个州市政府所在地城市环境空气质量优良天数比例达98.8%。推进以长江为重点的六大水系保护修复，洱海等部分高原湖泊水质不同程度好转。开展274家重金属重点行业企业整治，实施15个土壤污染治理与修复技术应用试点。努力构筑国家西南生态安全屏障。全面开展国土山川大绿化，2020年云南省森林面积3.74亿亩、覆盖率65.04%，居全国前列。颁布《云南省自然保护区管理条例》，加快“三屏两带”生态安全屏障建设，生态保护红线划定面积占全省国土面积的30.9%。率先出台生物多样性保护条例并发布生物多样性白皮书，建成全国唯一的“中国西南野生生物种质资源库”，实施亚洲象、金丝猴等珍稀濒危特有物种拯救、保护和恢复工程。积极筹备联合国《生物多样性公约》第十五次缔约方大会。云南省高度重视此次督察工作，边督边改、立行立改，解决了一批群众身边的生态环境问题。截至6月底，督察组交办的3056件群众举报问题已办结或阶段办结2470件，其中责令整改1703家；立案处罚583家，罚款3717.7万元；立案侦查17件，拘留3人，约谈449人，问责130人。督察指出，云南省生态环境保护工作虽然取得积极进展和成效，但与中央要求和人民期待相比，还存在不小差距。一是贯彻落实习近平总书记重要指示精神的自觉性和主动性不够。
一些同志对云南生态环境脆弱敏感的客观实际没有清醒认识，存在盲目乐观倾向。昆明市围绕滇池“环湖造城”“贴线开发”，环滇池湖滨带特别是环草海湖滨带大量被房地产等项目侵占。滇池生态空间受到严重挤压。长腰山是滇池山水林田湖草沙生命共同体的重要组成部分。2012年以来，昆明诺仕达（企业）集团公司在长腰山大肆进行房地产开发。第一轮督察曾指出昆明市滇池面山以内城市扩张问题，但昆明市并未引起重视，违规批准昆明诺仕达（企业）集团公司在长腰山规划建设大量别墅、多层和中高层楼房，其中滇池二级保护区已建成别墅167栋、在建47栋，导致长腰山90%以上区域被钢筋混凝土替代，长腰山变成“水泥山”，基本丧失生态功能。2021年4月，中央第八生态环境保护督察组在云南省昆明市安宁市现场检查某钢铁企业钢渣堆场淋溶水污染情况。
“两高”行业产能控制不力，因能耗双控任务完成不力被国家有关部委预警提醒。曲靖市、楚雄州工信部门违规为云腾建材公司和一鑫玻璃制品公司进行备案，两家企业先后于2016年12月和2018年8月建成投产，督察进驻时仍在违规生产。一些地方和部门产能置换把关不严，焦炭等行业产能零增长目标落空。云南成发能源科技有限公司置换的105万吨/年焦化产能中，85万吨/年来自于2013年之前已淘汰关闭企业的落后产能，10万吨/年是批而未建的“无效产能”，有效产能仅10万吨/年。楚雄州德胜煤化工有限公司2011年应淘汰的4座捣固焦炉截至督察进驻时仍在生产。一些生态环境目标设置放松要求。云南省《关于全面加强生态环境保护坚决打好污染防治攻坚战的实施意见》中，长江流域优良水体比例、珠江流域劣Ⅴ类水体比例目标设置均不及现状；云南省城镇污水处理提质增效行动实施方案对城镇污水收集率目标值设置也严重偏低。一些地方在推动解决突出生态环境问题方面不敢担当作为。第一轮督察就指出玉溪市九龙国际会议中心违规在抚仙湖一级保护区内建设酒店、别墅等问题，截至此次督察进驻仍未得到有效整改。昆明市为保住敬业钢铁有限公司工业产品许可证，不顾其不达环保要求实际，让其2020年6月恢复生产，导致环境污染问题突出。责任落实不到位。部分省级河（湖）长“只挂帅不作战”，一些突出问题长期得不到解决。第一轮督察及“回头看”指出的水电站生态流量泄放不足等问题未整改到位。2020年，九大高原湖泊有7个湖泊水质未达水功能区划要求，杞麓湖水质从2019年的Ⅴ类恶化为2020年的劣Ⅴ类。昆明市对城区雨污分流改造推动不力，二环内雨污合流面积达45.48平方千米，每年通过溢流口排放的雨污合流水约1.4亿立方米，严重影响滇池水质。2020年滇池30条有水功能区划类别要求的入湖河流中仅18条水质达标。截至2021年4月，红河州大屯海沿湖37个生活污水处理项目仅完成10个，进展严重滞后，大屯海水质常年为劣Ⅴ类。玉溪市通海县投资7.3亿元建设的环湖截污工程“截污不治污”，截流污水在雨季通过闸门集中排入杞麓湖，旱季“藏污纳垢”，雨季“零存整取”。为达到水质考核要求，通海县投资4.85亿元在杞麓湖周边建成6座水质提升站从湖中取水，净化后再排入湖；通海县甚至弄虚作假，通过围隔稀释，干扰国控水质监测点采样环境，造成水质改善假象。高原湖泊保护条例要求配套出台保护或利用规划等措施，但各州市直至2018年后才集中编制规划，高原湖泊保护利用长期无“规”可循。铭真高尔夫球场属违法建设项目，侵占滇池一级保护区456.68亩。但昆明市并未依法进行查处，导致球场违法违规问题长期没有解决，直至督察进驻前才叫停，有关地方甚至“插枝种树”应付督察。一些地方在湖泊保护治理方面系统思维不够，规划管控不力。抚仙湖湖滨岸线和缓冲区缺乏科学规划管控，开发强度大，“边退边进”“民退商进”“景观化治湖”现象突出。云南省生活污染防治基础设施欠账多，城市生活污水集中收集率普遍偏低。2020年蒙自、泸水、宣威等5个城市生活污水集中收集率不足20%，泸水市仅9.9%。“十二五”期间规划建设的保山市第三污水处理厂截至督察进驻仍未建成，配套的10.17公里污水干管仅完成4.72公里，每天约4.5万立方米生活污水直排，致使东河水质急剧恶化，隆阳区石龙坪断面成为怒江流域唯一一个劣Ⅴ类断面。生活垃圾焚烧设施建设滞后，应于2021年4月底前完成的13个项目有6个未完成。西双版纳州景洪市城市生活垃圾处理场在2018年至2020年间多次、长时间停运渗滤液处理设施，部分外排渗滤液COD、氨氮浓度达5420mg/L、132mg/L，超过排放限值53.2倍和4.3倍。部分工业园区环境问题突出。昆明西山区海口工业园区污水处理厂扩容提标工程建设滞后，昆明市及西山区敷衍应对，仅采取沙袋封堵及回抽措施来处理雨水口直排污水问题；部分企业长期通过暗管将生产废水直排螳螂川。曲靖市沾益工业园区环境风险防控设施不完善，环境风险隐患大。重金属污染防治形势不容乐观。个旧市应于2020年底建成的12个重金属污染综合防治项目有3个未完成；昆明市东川区应于2017年底完成的10个重金属污染防治项目至督察进驻仍有3个未完成。云锡集团下属化工公司未按要求建设渗滤液收集处理设施。农业面源污染问题突出。杞麓湖、星云湖、阳宗海等高原湖泊流域内蔬菜等大水大肥作物种植面积大，复种指数高，种植结构和方式优化调整、农药化肥减量化工作不到位。2020年，普洱市湿法加工咖啡鲜果24.3万吨，用水量约73万吨，仅少部分污水经过集中处理，绝大多数高浓度废水经简单处理后排放，造成普文河普洱段季节性超标。一些地方过度开发，局部地区天然林面积减少。西双版纳州由于毁林开垦、毁林种茶等原因，2020年天然林面积较2016年减少18.4万亩。文山州二河沟一级电站擅自在文山国家级自然保护区核心区、缓冲区内建设引水渠、取水口、拦水坝等设施，造成取水口下游河道减水脱水甚至断流，严重破坏保护区生态环境。第一轮督察及“回头看”均指出该问题，但文山州未将其纳入整改方案，致使该电站非法延续生产。2021年4月，中央第八生态环境保护督察组在云南省曲靖市宣威市现场检查某“散乱污”企业污染治理情况。
云南省现有历史遗留废弃露天矿山约8000座，占损土地面积位居全国前列，但生态修复工作严重滞后。昆明钢铁控股有限公司上厂铁矿、迪庆州安乐铅锌矿未按要求开展恢复治理。磷石膏产生量大，利用率低。截至2020年底，云南省堆存磷石膏约2亿吨，环境风险隐患突出。全省82家磷矿，6965亩矿山尚未开展生态修复。督察要求，云南省要坚决贯彻落实习近平生态文明思想，深入打好污染防治攻坚战，不断夯实生态文明建设排头兵的根基。要着力推进产业结构调整和资源优化配置，精准、科学、依法和系统推进高原湖泊保护治理；加快推进环境基础设施建设和重金属等历史遗留环境问题的解决，持续加大自然保护地保护和矿山治理生态修复力度。对失职失责问题，要责成有关部门进一步深入调查，厘清责任，严肃、精准、有效问责。对需要开展生态环境损害赔偿或需要提起公益诉讼的，按有关规定办理。督察强调，云南省委、省政府应根据督察报告，抓紧研究制定整改方案，在30个工作日内报送党中央、国务院。整改方案和整改落实情况要按照有关规定向社会公开。督察组还对发现的生态环境损害责任追究问题进行了梳理，已按有关规定移交云南省委、省政府处理。